但时任北京市卫生局新闻发言人的邓小虹却否认这一报道，她强调简易门诊中的大处方、骗保问题，不属于卫生局的管理范畴，没听说简易门诊因为任何原因被关闭，很多医院的简易门诊一直存在，卫生局的态度是，支持但不强制或过分干涉。
北京卫生局是否叫停过简易门诊已不重要，关于规范简易门诊流程的讨论从未停止。2008年6月北京市卫生局出台了一项《北京市医院简易门诊管理暂行规定》的通知，其中对简易门诊的医生执业资格、患者人群、开药范围、检查项目的范围都做了明确规定。
在这种严格的管控下，北京各大医院的简易门诊变得相当严格。阜外医院的简易门诊只有“给本院老病人开药”的功能，该院一位医生形容其为“严格抄药方，改动一点点都需要挂普通号另外就诊”，极少数药品的最大开药量达到本市自费和外地患者3个月，医保患者1个月。
协和、同仁等医院对挂简易门诊的患者，也有严格要求，未在本院就诊过的患者不能挂简易门诊开药，在本院就诊过的患者也要带着三个月以上的病历来就诊。
而且，北京简易门诊最终没有逃脱再次被停的命运。友谊医院7月1日停诊，宣武医院8月6日停诊，广安门中医院的简易门诊已停，积水潭医院每天限号限时段，解放军二炮医院已经定好了停诊日期……
事实上，开始叫停简易门诊的地区并非仅有北京。今年7月，在高调宣布全市实施医药分开的深圳，第一人民医院、第二人民医院、南山区人民医院先后将简易门诊停诊，引起媒体关注。